Não consigo pensar em nenhuma razão para danificar a electrónica no seu carro, a menos que toque num dos cabos de salto em algum lugar onde não deve e curto-circuite algo delicado ou ligue os cabos de trás para a frente.
Ligá-los de trás para a frente não deve danificar a electrónica, pois o seu carro deve ter protecção contra este tipo de coisas, mas é a coisa chave a verificar - só por precaução.
Um exemplo que me ocorre pode ser - uma aparelhagem de pós-venda pode não ter protecção contra sobretensões/voltagem e pode ser ligada directamente à bateria, não através do interruptor de ignição, pelo que ligar 12v através dela da forma errada pode danificá-la. Mais realisticamente, pode apenas queimar um fusível ou um díodo.
Como comentado abaixo, isto pode danificar as baterias - estava a falar puramente de electrónica. Cuidado com as suas baterias :-)