Presumo que queira dizer que as rotações são superiores a 2k, se fossem superiores a 20k penso que obteria um tipo de ruído diferente da baía do motor.
Pela descrição parece que teria uma sincronia danificada, especialmente se isto acontecer quando se está a mudar para a 3ª. Para cima não deve fazer um ruído assim tão mau, mas se a sincronização estiver realmente à saída (o que a sua descrição sugere, dado que tem vindo a piorar com o tempo), também terá o ruído em mudanças de direcção.
A única forma de o fixar é puxar a caixa de velocidades e substituí-la por uma revisada ou retirá-la e substituir a sincronia. Também se pode esperar que não tenha danificado/utilizado nenhuma engrenagem em si, o que tornará a reparação ainda mais cara. Como provavelmente já pode adivinhar, isso não será uma reparação barata.
Entretanto, sugiro que duplique a embraiagem e a rotação em downshifts (isto é, embraiagem -> caixa em neutro -> acelerador de blip -> embraiagem e passe para engrenagens mais baixas) e use mudanças mais lentas para prolongar a vida útil da caixa de velocidades até conseguir arranjá-la. Não vale a pena tentar mudar de marcha o mais rápido possível (mesmo numa pista de corrida, o ganho é mínimo) mas é muito difícil na caixa.