Este é um problema comum a todos os aparelhos de ar condicionado (de carro ou não), e é causado pelo crescimento do míldio. Nos carros acontece frequentemente quando as pessoas passam o seu ar condicionado na recirculação a toda a hora, ou o dreno fica entupido. O sistema não seca completamente e o míldio começa a crescer.
Você deve preocupar-se com a sua saúde, especialmente se tiver alergias. Imagine todo aquele míldio e só Deus sabe o que mais cresce ali e é vomitado na sua cara cada vez que liga o ar condicionado… Aqui está um link para página EPA dos EUA descrevendo como o bolor pode afectar a saúde, se ainda não estiver convencido.
As coisas que deve fazer para remover a causa do seu problema e evitar que volte a acontecer:
Execute-o na recirculação somente quando algo cheira mal lá fora, ou se quiser que arrefeça rapidamente. O ar fresco do exterior vai ajudá-lo a secar melhor.
Certifique-se de que o seu dreno de ar condicionado não está entupido e não há acumulação de água.
E isto é o que poderia fazer para remover os efeitos desagradáveis:
Ponha o aquecedor a funcionar em pleno durante algum tempo, que vai secar o sistema e pode ‘cozinhar’ o míldio.
Mude o filtro de ar da cabina (se tiver um).
Existem sprays especiais vendidos para remover o míldio do sistema A/C (leia atentamente as instruções antes de os utilizar). A simples utilização de Lysol ou outras coisas do género também funcionará, mas o cheiro será mais desagradável.
Sugiro que faça tudo isto, e na ordem especificada.